為了因應世界科技潮流、配合政府積極推動奈米科技的政策以及整合中原大學資源，「奈米科技中心」經本校研究中心審議委員會於九十一年五月正式成立，其成立理念為「因應科技發展方向」、「配合學校中長程計畫」、「整合資源、提高成效」、「展現團隊精神」。經過多年來的科技發展，如今「奈米時代」已正式來臨，台灣也正積極創造奈米科技帶來的無限商機。

本學位學程成立於民國九十六年八月，其架構、發展及特色源至於本院奈米科技中心，『奈米科技』是一門結合了理、工及電資等三個學院，包括物理、化學、生科、醫工、及電子等領域的獨特學問，集結了上述五個學系29位專業教師之多元化教學、研究的特殊性，所設置之跨領域碩士學位學程，迎向未來科技中跨領域整合的潮流，期望能為台灣培育未來的科技菁英，正積極培育基礎科學及發展奈米產業人才為主旨。目前本學位學程共有91名碩士班畢業生。其修業期限為一至四年，依研究方向之規劃，分成「奈米材料」及「奈米生醫」等兩大領域，畢業後學位授予為理學碩士學位。